Rodriguez-Temporal, D.Sánchez-Cueto, M.Buenestado-Serrano, S.Blázquez-Sánchez, M.Cercenado, E.Gutiérrez-Pareja, M.Molero-Salinas, A.López-Camacho, E.Muñoz, P.García de Viedma, D.Pérez-Lago, L.Rodríguez-Sánchez, B.2026-01-052026-01-052025-08Rodriguez-Temporal, D, Sánchez-Cueto, M, Buenestado-Serrano, S, Blázquez-Sánchez, M, Cercenado, E, Gutiérrez-Pareja, M, Molero-Salinas, A, López-Camacho, E, Muñoz, P, García de Viedma, D, Pérez-Lago, L & Rodríguez-Sánchez, B 2025, 'Characterization of a nosocomial outbreak caused by VIM-1 Klebsiella michiganensis using Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy', Journal of Hospital Infection, vol. 162, pp. 9-16. https://doi.org/10.1016/j.jhin.2025.05.0030195-6701unpaywall: 10.1016/j.jhin.2025.05.003https://hdl.handle.net/10641/6969Publisher Copyright: © 2025 The Healthcare Infection SocietyAntecedentes: La espectroscopia de infrarrojo por transformada de Fourier (FT-IR) ha surgido como un método rápido y fiable para la tipificación bacteriana. En este estudio, evaluamos la espectroscopia FT-IR para caracterizar un brote nosocomial causado por Klebsiella michiganensis productora de VIM-1 (complejo K. oxytoca). Métodos: Todos los aislados del complejo K. oxytoca recogidos durante el periodo del brote (N = 27) y los aislados control (N = 8) se obtuvieron del Hospital Universitario Gregorio Marañón, España. De los 27 aislados, 22 procedían de pacientes pediátricos, cuatro de adultos y uno era un aislado ambiental. Se empleó la espectroscopia FT-IR para la tipificación bacteriana, mientras que la secuenciación del genoma completo (WGS) se utilizó como método de tipificación de referencia para la comparación. Hallazgos: El análisis de los espectros FT-IR reveló grupos (clusters) diferenciados, uno de los cuales correspondía a 19 aislados del brote (18 de pacientes pediátricos y el aislado ambiental), lo que sugiere un origen común. Otros grupos minoritarios no mostraron ninguna relación epidemiológica entre los aislados. El análisis posterior de WGS identificó a K. michiganensis como el agente causal del brote. FT-IR mostró una alta concordancia con WGS en la clasificación del brote, respaldando su fiabilidad en este contexto (índice de Rand ajustado = 0.882; coeficiente de Wallace ajustado = 0.937). Además, la visualización de los espectros FT-IR puso de relieve características discriminativas entre los aislados del brote y los que no pertenecían a él, facilitando un cribado rápido cuando se sospecha un brote. Conclusiones: La espectroscopia FT-IR representa un método rápido y rentable que permite una intervención oportuna y una gestión eficaz de los brotes nosocomiales. Su integración con WGS mejora la precisión de las investigaciones de brotes, demostrando su utilidad en la microbiología clínica y las prácticas de control de infecciones. [Traducción automática al español; idioma original: inglés.]Background: Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy has emerged as a rapid and reliable method for bacterial typing. In this study, we evaluated FT-IR spectroscopy for characterizing a nosocomial outbreak caused by VIM-1-producing Klebsiella michiganensis (K. oxytoca complex). Methods: All K. oxytoca complex isolates collected during the outbreak period (N = 27) and control isolates (N = 8) were obtained from Hospital Universitario Gregorio Marañón, Spain. Among the 27 isolates, 22 were obtained from paediatric patients, four from adults and one was an environmental isolate. FT-IR spectroscopy was employed for bacterial typing, while whole-genome sequencing (WGS) was used as the reference typing method for comparison. Findings: Analysis of the FT-IR spectra revealed distinct clusters, one of which corresponded to 19 outbreak isolates (18 from paediatric patients and the environmental isolate), suggesting a common origin. Other minor clusters did not exhibit any epidemiological relationship among the isolates. Subsequent WGS analysis identified K. michiganensis as the causative agent of the outbreak. FT-IR showed a high concordance with WGS in outbreak classification, supporting its reliability in this setting (adjusted Rand index = 0.882; adjusted Wallace coefficient = 0.937). Moreover, FT-IR spectra visualization highlighted discriminative features between outbreak and non-outbreak isolates, facilitating rapid screening when an outbreak is suspected. Conclusions: FT-IR spectroscopy represents a rapid and cost-effective method that enables timely intervention and effective management of nosocomial outbreaks. Its integration with WGS enhances the accuracy of outbreak investigations, demonstrating its utility in clinical microbiology and infection control practices.8719855enghttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/FT-IRFourier transform infrared spectroscopyKlebsiella michiganensisKlebsiella oxytocaSpectroscopyFt-irFourier transform infraredMicrobiology (medical)Infectious DiseasesSDG 3 - Good Health and Well-beingJournal ArticleEvaluation StudyYesyesjournal articleinfo:eu-repo/semantics/closedAccess10.1016/j.jhin.2025.05.003https://www.scopus.com/pages/publications/105008430916https://www.scopus.com/pages/publications/105008430916#tab=citedBy