Characterization of a nosocomial outbreak caused by VIM-1 Klebsiella michiganensis using Fourier transform infrared (FT-IR) spectroscopy

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Abstract

Antecedentes: La espectroscopia de infrarrojo por transformada de Fourier (FT-IR) ha surgido como un método rápido y fiable para la tipificación bacteriana. En este estudio, evaluamos la espectroscopia FT-IR para caracterizar un brote nosocomial causado por Klebsiella michiganensis productora de VIM-1 (complejo K. oxytoca). Métodos: Todos los aislados del complejo K. oxytoca recogidos durante el periodo del brote (N = 27) y los aislados control (N = 8) se obtuvieron del Hospital Universitario Gregorio Marañón, España. De los 27 aislados, 22 procedían de pacientes pediátricos, cuatro de adultos y uno era un aislado ambiental. Se empleó la espectroscopia FT-IR para la tipificación bacteriana, mientras que la secuenciación del genoma completo (WGS) se utilizó como método de tipificación de referencia para la comparación. Hallazgos: El análisis de los espectros FT-IR reveló grupos (clusters) diferenciados, uno de los cuales correspondía a 19 aislados del brote (18 de pacientes pediátricos y el aislado ambiental), lo que sugiere un origen común. Otros grupos minoritarios no mostraron ninguna relación epidemiológica entre los aislados. El análisis posterior de WGS identificó a K. michiganensis como el agente causal del brote. FT-IR mostró una alta concordancia con WGS en la clasificación del brote, respaldando su fiabilidad en este contexto (índice de Rand ajustado = 0.882; coeficiente de Wallace ajustado = 0.937). Además, la visualización de los espectros FT-IR puso de relieve características discriminativas entre los aislados del brote y los que no pertenecían a él, facilitando un cribado rápido cuando se sospecha un brote. Conclusiones: La espectroscopia FT-IR representa un método rápido y rentable que permite una intervención oportuna y una gestión eficaz de los brotes nosocomiales. Su integración con WGS mejora la precisión de las investigaciones de brotes, demostrando su utilidad en la microbiología clínica y las prácticas de control de infecciones. [Traducción automática al español; idioma original: inglés.]